También se encuentra el único volumen del Manuscrito Voynich, un enigmático texto anónimo del siglo XV escrito en un idioma desconocido, el denominado voynichés, que ha desconcertado a historiadores y criptógrafos desde su descubrimiento en el siglo XIX.En 1969, el Manuscrito Voynich fue donado a la Biblioteca Beinecke por HP Kraus, quien lo había comprado de la propiedad de Ethel Voynich, la viuda de Wilfrid Voynich. Se trata de un libro ilustrado, de contenido desconocido, escrito hace unos quinientos años por un autor anónimo en un alfabeto no identificado. Algunos expertos creen que es un libro codificado. El origen del manuscrito podría ser mesoamericano, según indican algunos de los dibujos de plantas, y el hecho de que el estilo es similar al de las ilustraciones botánicas del siglo XVI en México, aunque entre las ilustraciones también hay figuras humanas. A pesar de que lingüistas de todo el mundo, llevan siglos intentando descifrarlo, nadie lo ha conseguido hasta la fecha. El libro fue descubierto por un anticuario, Wilfrid Voynich, en 1912, las pruebas de carbono 14 no dejaron lugar a dudad sobre la antigüedad del manuscrito.Cuenta también con los archivos personales de Edith Wharton, Alfred Stieglitz, Georgia O’Keeffe, Eugene O'Neill, Ezra Pound, Gertrude Stein, Walt Whitman y Witold Gombrowicz, entre muchos otros.La seguridad es uno de los principales retos a los que se enfrenta a diario la Biblioteca Beinecke. Por ejemplo, cuenta con sistemas de prevención de incendios que reducen el nivel de oxígeno de las salas al detectar llamas para evitar su propagación. En los 70 tuvieron que hacer frente a un problema de seguridad bastante peculiar. El centro adquirió un ejemplar que contenía larvas del llamado escarabajo del reloj de la muerte y se desató una plaga. Debido a la rareza de los ejemplares, no podían arriesgarse a usar insecticidas por lo que se optó por la congelación. Se envolvieron los libros afectados en plásticos y se sometieron a temperaturas de 36 grados bajo cero durante un par de días. A partir de ese momento, todas las nuevas adquisiciones reciben este tratamiento como medida de precaución y ha sido adoptado por otras bibliotecas para tratar sus colecciones especiales.La biblioteca está abierta a todos los estudiantes y profesores de la Universidad de Yale, así como a investigadores visitantes.